Um dos sistemas mais populares do mundo para montagem de fragmentos é o de R. Staden, pesquisador de Cambridge. Staden se baseia na idéia de contig: uma estrutura que engloba um conjunto de fragmentos e possui um consenso associado, isto é, uma seqüência ininterrupta de bases.
Os fragmentos são processados um a um. Procura-se um contig ao qual o fragmento seja semelhante. Encontrando-se um contig, o fragmento é inserido nele e recalcula-se o consenso. Caso contrário, um novo contig é criado. Desta forma, os contigs vão crescendo com o processamento. Fragmentos podem ainda relacionar dois contigs, fundindo-os.
Os consensos dos contigs representam a molécula original. Caso os fragmetos gerados no seqüenciamento não cubram toda a molécula, dois ou mais contigs serão obtidos. Mas, com cobertura e sobreposição suficientes, um único contig, representando toda a seqüência, pode ser devolvido.