O seqüenciamento de moléculas de DNA se tornou prática comum na comunidade científica. Tal processo determina a seqüência de nucleotídeos (as unidades químicas que constituem o DNA) formadora da molécula. Hoje, existem inúmeros projetos que visam mapear o genoma de organismos inteiros, inclusive o do próprio ser humano. Estes trabalhos são conhecidos como seqüenciamento em larga escala.
Porém, há um grande problema pelo qual estas técnicas de seqüenciamento passam: elas só são capazes de mapear moléculas com comprimento entre 500 e 700 nucleotídeos. Uma vez que uma molécula de DNA pode ter centenas de milhares de nucleotídeos, a solução é fragmentá-la em cadeias menores, que possam ser seqüenciadas. Ao final, estes fragmentos mapeados são usados como peças para montar a molécula original. Este é o trabalho dos programas para montagem de fragmentos.
Neste trabalho, abordaremos superficialmente os processos laboratoriais de seqüenciamento. Munidos desta base mínima para a compreensão da realidade biológica, iniciaremos o estudo computacional envolvido, formalizando o problema e buscando uma heurística para seu tratamento. Por fim, apresentaremos outras heurísticas conhecidas dentro da Ciência da Computação.