Entrega preliminar do TCC
Estudo comparativo de medidas de dependência e aplicações em dados de expressão gênica
Aluna: Suzana de Siqueira Santos Supervisor: Professor André Fujita
Aluna: Suzana de Siqueira Santos Supervisor: Professor André Fujita
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No decorrer do primeiro semestre de 2012 (até o mês de maio) foram pesquisadas medidas de dependência, dentre as quais os coeficientes de Pearson e Spearman, a medida D de Hoeffding, o CIM, a correlação de distância e a medida de HHG foram selecionadas para o estudo comparativo.
Além disso, no primeiro semestre, estudei em mais detalhes o coeficiente de informação mútua e realizei simulações comparando os coeficientes de Pearson e Spearman, a medida D de Hoeffding e a correlação de distância. Para tal, estudei a ferramenta R, com a qual implementei as simulações, e foram revisados e estudados alguns tópicos de estatística, como teste de hipóteses, poder estatístico e curva ROC.
Durante o mês de julho e agosto dei continuidade às simulações com as medidas estudadas. Nesse período foram adicionadas mais duas medidas ao estudo: o coeficiente de Kendall e a informação mútua.
Em setembro, concluídas as simulações, comecei a processar dados de expressão gência de 441 amostras de adenocarcinomas. Os dados passaram por um processo de normalização (ainda sujeito a mudanças) e serão futuramente aplicados em testes de independência.
Os próximos passos são finalizar o estudo sobre os resultados das simulações e aplicar as medidas aos dados biológicos. Concluída a normalização dos dados, selecionaremos genes nos quais buscaremos associações a partir dos métodos estudados.
Paralelamente a essas atividades, o texto da monografia será aperfeiçoado e expandido. Posteriormente, serão desenvolvidos o pôster e a apresentação do trabalho.
Atividade | Junho | Julho | Agosto | Setembro | Outubro | Novembro |
Estudo da medida de HHG | OK | |||||
Simulações | OK | OK | OK | |||
Aplicações em dados biológicos | Em andamento | Em andamento | Em andamento | |||
Monografia | Em andamento | Em andamento | ||||
Criação do pôster e apresentação do trabalho | X |