A biotecnologia possui várias ferramentas para seqüenciar DNA. Um dos métodos mais usado no seqüenciamento em larga escala é o dideoxi, o qual iremos descrever em linhas gerais:
A enzima DNA polimerase é a responável pela replicação de DNA. Ela utiliza a molécula a ser replicada como molde e vai incorporando nucleotídeos à cópia. Cada nucleotídeo é capaz de duas ligações: uma delas incorpora-o à nova molécula enquanto a outra agrega novos nucleotídeos, prosseguindo com o processo de replicação.
A idéia do método dideoxi é inserir no meio nucleotídeos sintetizados especialmente para interromper a replicação. Seja A* um nucleotídeo Adenina capaz de se incorporar à molécula mas incapaz de agregar novos nucleotídeos. Ao iniciarmos uma processo de replicação em um ambiente com nucleotídeos A*, iremos gerar subcadeias de DNA cuja terminação se dá em A (Figura 1). Com uma eletroforese em gel, podemos separar essas cadeias por tamanho, concluindo a posição de cada nucleotídeo A na molécula original.
Podemos sintetizar nucleotídios G*, T* e C* com as mesmas propriedades de A* e, com isso, seqüenciar todo o fragmento de DNA. A Figura 2 mostra um filme produzido pela eletroforese em gel, que permite definir a ordem dos nucleotídeos na molécula.
Porém, há um sério problema neste método: quanto maior o comprimento da molécula sendo seqüenciada, menor é a resolução do filme gerado pela eletroforese. Isso faz com que o método dideoxi seja útil para cadeias de 500 a 700 nucleotídeos, um grande problema se tratando de moléculas de DNA, que podem chegar a milhares de pares de bases.
