A solução para o problema acima é fragmentar o DNA, obtendo trechos de comprimentos suficientemente pequenos de modo que possam ser seqüenciados. Porém, como desejamos obter posteriormente a seqüência original, este processo de fragmentação deve atender a certos requisitos.
Como observarmos na Figura 3, os fragmentos obtidos devem cobrir toda a extensão da molécula original. Além disso, é necessária uma sobreposição suficientemente grande entre os fragmentos para que eles possam, futuramente, durante o processo de montagem, serem arranjados de modo a obtermos o DNA inicial.
